27 декабря 1979 года подразделение ГРУ известное как «Мусульманский батальон» провело штурм дворца Амина, в ходе которого сам Амин был убит. Эта дата официально считается началом Афганской кампании СССР, хотя отдельные советские подразделения находились в стране еще с июля 1979 г. Штурм прошел успешно и даже более того — эта операция стала своего рода эталоном быстрого и эффективного штурма крупного строения. Главой государства после смерти Амина стал Бабрак Кармаль.

В январе-феврале 1980 года на территорию Афганистана был введен советский контингент, получивший название Ограниченный Контингент Советских Войск в Афганистане (ОКСВА). В литературе его еще часто называют 40-й Армией, так как задействованные части организационно относились к ней. Изначально в Афганистан было направлено 32000 советских военнослужащих, но в «пиковые» периоды численность ОКСВА достигала 100000 человек. Необходимо отметить, что ведение широкомасштабных боевых действий изначально не предполагалось. Планировалось, что советские войска возьмут под контроль крупные города (Кабул, Мазари-Шариф, Кандагар, Герат, Джелалабад и др.), а также основную трассу, соединяющую крупнейшие населенные пункты страны — так называемое «шоссе S», большая часть которого была построена советскими инженерами в 60-е годы. Однако почти сразу стало очевидной необходимость в крупных войсковых операциях, так как антиправительственные силы Афганистана немедленно начали получать поддержку со стороны США, Пакистана, Ирана, Китая и ряда других государств. Основным противником ОКСВА и Вооруженных Сил ДРА стали так называемые «моджахеды» (в переводе с арабского это слово означает «боец», буквально — «участник джихада») — члены различных религиозных объединений как суннитского, так и шиитского толка. Кроме них отметились также китайцы-маоисты, ряд египетских исламских группировок, иностранные наемники и представители афганского криминалитета. Зафиксировано как минимум два случая применения иностранными государствами — Пакистаном и Ираном — своей авиации против ОКСВА и ВС ДРА. По некоторым данным, в Афганистане против советских и правительственных войск активно действовал пакистанский спецназ, однако официальных подтверждений этому нет. Многие политические противники СССР, в первую очередь США и Пакистан, предоставили моджахедам большое количество оружия, провианта, инструкторов и информации, а также оказывали им политическую поддержку. Стоит упомянуть, что, хотя наличие общего врага сплачивало различные группировки моджахедов, нередко они грызлись между собой.

С 1980 по начало 1985 года ОКСВА и ВС ДРА провели большое количество крупномасштабных операций против моджахедов, в том числе три Панджшерские (где ОКСВА противостоял Ахмад Шах Масуд) и две Мармольские операции, а также Кунарскую операцию, в ходе которой было уничтожено более 4000 моджахедов и захвачено несколько сотен единиц тяжелого вооружения. Части ОКСВА контролировали лишь около 30 % территории страны, но в эту цифру входили все значимые города Афганистана и стратегические дороги. Собственно, задач по занятию и контролю прочих территорий части 40-й армии не получали вплоть до окончательного вывода войск. К началу 1985 года наиболее крупные объединения моджахедов были уничтожены или рассеяны. В мае 1986 года президентом Афганистана был избран Мохаммад Наджибулла. К этому моменту в стране оформилась политическая ситуация и прояснилась расстановка сил. Городское население и интеллигенция в целом поддерживали коммунистическое правительство, в то время как сельские жители находились под влиянием радикальных исламистов. Кроме того, некоторые региональные лидеры, особенно в западных областях страны, пользовались большой степенью фактической автономии и по сути не контролировались Кабулом.

К началу 1986 года оставшиеся в живых главы объединений моджахедов и их зарубежные покровители убедились в невозможности свержения просоветского правительства путем прямых боевых действий и решили сменить стратегию. Вместо сколачивания крупных отрядов и попыток закрепиться в отдельных регионах, они перешли к партизанским действиям и поддержке сепаратистски настроенных региональных лидеров. Сложилась своеобразная патовая ситуация: моджахеды не имели сил захватить власть, но и ОКСВА не могли пресечь льющийся из Пакистана поток оружия и инструкторов для моджахедов, которые успешно вербовали сторонников среди сельского населения страны. На место одного убитого моджахеда немедленно вставал новый. Кроме того, ОКСВА к этому моменту потерял в Афганистане более 10000 человек только убитыми, и советское общество уже довольно сильно устало от войны.

Командование ОКСВА также сменило стратегию. С апреля 1986 года собственно советские войска стали привлекаться к операциям значительно меньше. Вместо этого ОКСВА стал оказывать поддержку ВС ДРА авиацией, артиллерией и снабжением. С другой стороны, был введен в действие план «Завеса». Он предполагал создание большого количества засад и контрольных пунктов на афгано-пакистанской границе для недопущения в страну поставок оружия и финансовых средств для мождахедов. При этом планировалось не только и не столько ловить каждый отдельно взятый караван, а скорее затруднять их перемещение, заставляя пакистанцев накапливать грузы на перевалочных базах, которые было легче обнаружить и уничтожить при помощи авиации или артиллерии. Для поиска караванов и разведки путей снабжения начал активно привлекаться советский спецназ. Несмотря на существенное сокращение масштабов боевых действий, несколько крупных операций с участием советских войск (Маневр, Магистарль, Залп, Юг-87, Тайфун) в этот период войны все же состоялось. Особенно следует отметить операцию Магистраль, ставшую самой крупной за всю кампанию и в ходе которой 8-9 января 1988 года состоялся знаменитый бой на высоте 3234.   Во второй половине 80-х было предотвращено несколько десятков попыток мождахедов проникнуть на территорию СССР.

Одновременно с этим был разработан план постепенного вывода ОКСВА с территории Афганистана, который начался в 1987 г. Война вызывала все большее отторжение в советском обществе, а также требовала больших финансовых вливаний. Несмотря на то, что план «Завеса» принес определенные плоды, полностью перекрыть афгано-пакистанскую границу и лишить моджахедов зарубежной поддержки не удалось. В это время внутриполитическая и экономическая ситуация в СССР становились все сложнее и издержки от войны стали явно превышать возможные выгоды от ее продолжения. Проще говоря, к 1986 г. стало ясно, что из Афганистана пора уходить.

Вывод войск проходил постепенно, параллельно с ним шли достаточно серьезные боевые действия. Официальной датой окончания Афганской кампании считается 15 февраля 1989 г., хотя и после нее на территории страны оставались отдельные подразделения.

После вывода ОКСВА М. Наджибулла в течение 3 лет достаточно успешно продолжал борьбу против моджахедов. Однако в 1992 году, лишившись военной поддержки теперь уже России, он был свергнут талибами, а в 1996 году — убит. Согласно опросам общественного мнения, на сегодня Наджибулла является самым популярным главой государства за всю историю Афганистана.

Оценки итогов советской кампании в Афганистане.   В западной исторической литературе их принято подносить как поражение, в просоветской — как в целом успешные.

Объективно нельзя не признать, что ОКСВА выполнил все поставленные перед ним задачи и на протяжении всего пребывания в Афганистане представлял собой силу, которой невозможно было противостоять. Все операции с участием советских войск масштаба от батальона и выше были успешными. Если против ВС ДРА моджахежам удалось провести несколько успешных крупных операций, то против ОКСВА — нет. Нанесение чувствительных потерь хотя бы на уровне роты или уничтожение группы спецназа считалось большим успехом. СССР удалось привести к власти своих сторонников и обеспечить им популярность среди интеллигенции и городского населения. На протяжении 1960-70-х годов советские специалисты построили в Афганистане более 700 крупных экономических объектов (электростанций, мостов, заводов и т. д.), несколько сотен школ, проложили более 10 000 км асфальтированных дорог. В целом в оппозиции СССР находились только исламские фундаменталисты, но их нельзя было недооценивать, так как их активно поддерживали и снабжали США.

С другой стороны, советским войскам так и не удалось полностью блокировать границу с Пакистаном и до конца искоренить моджахедов в самом Афганистане. Следует, правда, учесть, что эта задача граничила с невозможным, но тем не менее. Значительная часть сельского населения находилась под влиянием исламистов и не поддерживала ни Наджибуллу, ни СССР. Боевые действия привели к гибели значительного количества мирного населения, которому было совершенно все равно кто главнее всех в Кабуле, лишь бы бомбы на голову не падали. Наконец, по итогам всей афганской эпопеи, продолжавшейся и после вывода войск, Россия оказалась проигравшей, так как Наджибулла был свергнут, а в стране пришли в к власти совершенно антироссийские силы.

После вывода войск чрезвычайно усилилась активность моджахедов на советско-афганской границе (за один только 1989 год было пресечено более 250 попыток диверсий и нападений на территории СССР). Напряженность теперь уже на таджико-афганской границе сохранилась до сих пор.